然而，两国君主心里十分清楚：自己需要对方，但不能相信对方。特别是亚历山大已明显看出，拿破仑只是以答应给他"东方"、自己要"西方"的诺言来诱惑他，拿破仑根本不会让他占领君士坦丁堡，甚至拿破仑宁愿让摩尔达维亚和瓦拉希亚留在土耳仆人手中。所以，当拿破仑提出让亚历山大在奥国开始军事行动前积极反对奥国时，亚历山大却不想去履行这一义务。这时，法国前外长塔列兰在爱尔福特出卖了拿破仑。他与亚历山大暗中勾结，劝告亚历山大抗拒拿破仑的霸权，他提醒亚历山大注意：俄国支持拿破仑反对奥地利并帮助他扩张势力，毫无利益可图。俄国应遏制拿破仑，这样对法国对欧洲都有好处。他说：“俄国的君主是文明的，而俄国的人民不文明。法国的君主不文明，而法国人民是文明的。必须使俄国的君主与法国的人民结成联盟。"他一再对亚历山大说：“您应该拯救法国。"在塔列兰的怂恿和规劝下，亚历山大最终没有在拿破仑所要求的对奥作战的条款上签字。
10月14日，爱尔福特会晤结束。拿破仑没有取得预期的成功，闷闷不乐地回国了。现在同盟在形式上依然有效，但不能再指望它了，拿破仑相信奥国及其他附庸国在他们热烈拥抱和亲吻的背后已看出了这个同盟的脆弱性。他必须尽快地解决西班牙问题，并在第二年春天把帝国大军开赴易北河前线。
拿破仑决定亲自率领一支足以扫平整个伊比利亚半岛的大军翻越比利牛斯山脉。在此之前，拿破仑禁止法国报刊上披露在西班牙所发生的一切，现在形势迫使他打破这种高傲的沉默。他宣布：西班牙的农民对他的王国造反，一个军团由于叛变而被消灭，另一个军团为英军所骗撤出葡萄牙，他必须再征召两批各为8万人的新兵。他想把20万久经沙场考验的老兵部队从德意志和意大利方面抽调出来增援西班牙，而以新兵补充德意志和意大利的各个军营。
10月26日，拿破仑离开巴黎。11月3日，抵达巴荣纳。8日，到达维多利亚。在这里，他听取了有关法国和西班牙两军阵势的详尽报告，他立刻起草了继续作战的计划。几个小时之内，整个战争机器又重新运转起来。
这时，西班牙人的部队状况给拿破仑的反攻提供了良好机会。西班牙各种正规的和非正规的部队已达到11．5万人，但其装备恶劣，纪律欠佳。他们的兵力分成五、六个**单位，没有任何集中的指挥或参谋机构。各地方指挥官彼此妒嫉，难以合作。拿破仑相信凭着自己那支训练有素的大军，一定能把西班牙的"流氓"部队打得落花流水。拿破仑的第一步就是收复马德里以及确保普通过维托里亚和圣希巴斯坦到法国的交通线。他命维克托、苏尔特、勒菲弗尔三个军向西作宽广的扫荡，把西班牙人全部赶出去。这三军果然不负拿破仑的重望，一路上如秋风卷残叶般地横扫过去，西班牙军纷纷溃退。12月4日，法国终于攻下了马德里。
与此同时，约翰．穆尔爵士率领3万英军进入西班牙。12月10日，穆尔爵士决定向北进击守卫在布尔戈斯的苏尔特军，以切断法国交通线。当时苏尔特只有18000人，数量上处于劣势。12月21日，两国旗兵相遇，法国旗兵败北。正当穆尔准备乘胜前进时，忽然传来拿破仑已经北上的消息，穆尔害怕法军切断他与葡萄牙之间的交通线，立即命令军队向西撤退。原来，法军重新成为马德里的主人之后，拿破仑决定乘胜进至塔古斯河谷，把英国人赶出葡萄牙。就在这时，英军已进入了西班牙，拿破仑立即改变计划，向西北进军，准备把英国人赶入海中。他留下约瑟夫国王和第一、第四两军驻守塔古斯河谷，自己于12月22日，以内伊为前卫，率军42000人去支援苏尔特。内伊军团奉命开向萨拉曼卡和阿斯托尔加，穿过风雪交加的瓜达腊马山，从侧面进攻穆尔。在法军攻击下，英军加快撤退速度。1809年1月3日，拿破仑在阿斯托尔加把指挥权移交给了苏尔特，自己火速回转巴黎，因为已有确切消息表明：奥地利将在春天发动进攻。没有拿破仑的亲自指挥，战果逊色不少。苏尔特在追击英军的过程中，虽使穆尔身负重伤，但未能阻止其主力部队登船撤走。而且，英军不久又重新出现在葡萄牙。
此时的拉纳军正在围攻萨拉戈萨城。该城已坚守了几个月之久。1809年1月27日，拉纳占领了该城的外围工事，并攻入城中。但在城中，拉纳又遭到前所未有的英勇抵抗。每一栋房屋都变成了堡垒，每一间茅舍、马棚、地下室、顶楼都必须经过战斗才能占领。这种激烈的战斗在这个已被法军占领的城市中整整进行了3个星期，法军士兵不分青红皂白屠杀了一切人，包括妇女儿童。然而，只要法军士兵稍一疏忽，妇女儿童也会杀死他们。法军屠杀了2万名守卫部队和3万多名城市居民。拉纳元帅是位骁勇的骑兵，他曾参加过拿破仑指挥的所有激烈的战斗，在他的头脑中几乎没有"恐惧"二字，然而，他却被眼前可怕的情景震动了，无数具男人、女人和儿童的尸体并排躺在血流成河的街道上，整个城市死一般的寂静。拉纳不无感慨地对身边的人说：“这是怎样的一场战争啊！我们被迫要杀死这样勇敢的人们，即使他们是疯狂的人们，这场胜利也只能使人感到忧伤！”（由此可见，在没有拿破仑的指挥下，法军的纪律性和战斗能力的确大不一样）
在此后的一段时间里，西班牙民众掀起了一股反抗法国侵略军的爱国主义的大起义，将拿破仑的最精锐的25万法军牵制在在了西班牙。拿破仑在西班牙所犯下的错误过多：
1首先，他不该相信他那无能的哥哥，他居然让约瑟夫（一个“懦夫”，实在找不到什么词语形容他）去指挥他手下的那几名元帅和他的25万大军，想一下，如果这几十万大军在滑铁卢或莱比锡的话……
2其次，他留下的那几位元帅本来就不太和睦，互相之间根本不可能相互支援，也不会听西班牙国王约瑟夫的指挥，由此可见，这是一支内部不团结，又没有中央统一指挥的25万精锐大军，在这种情况下，即使是50万大军在西班牙也不会取得太大功效，因此，拿破仑本应该在1812年发动侵俄战争前先到西班牙战场平定西班牙的战事，可是他太过于自信，没有想到自己会征俄失败，自然不会想到自己的25万的生力军是如何的重要，拿破仑从此不得不承受由于自己的错误决定所造成的沉重负担。
西班牙战争同时暴露出了拿破仑帝国隐藏的一个弱点：拿破仑所建造的大帝国其实就是一个倒立的金字塔——整个结构都压在他一个人的身上，要知道，人终究不是上帝，不可能总会获得胜利，即使是拿破仑。
正如瑞典国王（法国元帅贝尔纳多特，因与拿破仑不和，率军进攻拿破仑,后称为瑞典国王卡尔十四世）在拿破仑的葬礼上所说的：
拿破仑不是被世人征服的。在我们所有这些人当中他是最伟大的。因为他只依赖自己的治理，所以上帝才惩罚他。他将自己的材质用到了最大限度，终于难以为继。然而凡事物极必反，古今概莫能外。